9月16日0—24时，31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例84例。其中境外输入病例22例（云南16例，河南2例，广东2例，上海1例，浙江1例），含2例由无症状感染者转为确诊病例（浙江1例，河南1例）；本土病例62例（福建61例，其中厦门市31例、莆田市28例、泉州市1例、漳州市1例；云南1例，在德宏傣族景颇族自治州），含1例由无症状感染者转为确诊病例（在福建）。无新增死亡病例。新增疑似病例2例，均为境外输入病例（均在上海）。
当日新增治愈出院病例45例，解除医学观察的密切接触者661人，重症病例较前一日增加1例。
境外输入现有确诊病例587例（其中重症病例3例），现有疑似病例2例。累计确诊病例8754例，累计治愈出院病例8167例，无死亡病例。
截至9月16日24时，据31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例916例（其中重症病例5例），累计治愈出院病例90025例，累计死亡病例4636例，累计报告确诊病例95577例，现有疑似病例2例。累计追踪到密切接触者1177935人，尚在医学观察的密切接触者15875人。
31个省（自治区、直辖市）和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者20例，其中境外输入14例，本土6例（均在福建莆田市）；当日转为确诊病例3例（境外输入2例）；当日解除医学观察12例（境外输入11例）；尚在医学观察的无症状感染者378例（境外输入359例）。
累计收到港澳台地区通报确诊病例28327例。其中，香港特别行政区12149例（出院11862例，死亡213例），澳门特别行政区63例（出院63例），台湾地区16115例（出院13742例，死亡839例）。
厦门划定2个高风险地区、5个中风险地区
17日，厦门市应对新冠肺炎疫情工作指挥部发布中高风险地区通告，将划定的高风险地区（同安区新民镇湖里工业园以东、同明路以西、集安路以南、集贤路以北）范围扩大至同安区新民镇乌涂社区，同安区新民镇西塘社区也划定为高风险地区。
划定思明区中华街道仁安社区部分区域、思明区开元街道后江社区福满家园小区、同安区西柯镇官田洋一里、同安区新民镇梧侣村、同安区新民镇柑岭村等区域为中风险地区。
